你如何比较＆ldquo;相似性＆rdquo;在两个树形图之间（在R中）？
我有两个树形图，我希望相互比较，以找出它们是如何“相似”。但我不知道有任何方法可以这样做（更不用说实现它的代码了，比方说，在R中）。
任何线索？
更新（2014-09-13）：
自从提出这个问题以来，我编写了一个名为dendextend的R包，用于树形图的可视化，操作和比较。此软件包在CRAN上，附带详细的插图。它包括
cor_cophenetic
cor_bakers_gamma
Bk
Bk_plot
tanglegram
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包中的函数能够计算共生相异矩阵。并且可以使用函数计算相关性。因为@Tal指出函数返回了不同顺序的树，如果我们根据树形图结果计算相关性，将导致错误的结果。如包中的函数函数示例所示：set.seed(23235) ss <- sample(1:150, 10 ) hc1 <- iris[ss,-5] %>% dist %>% hclust("com") hc2 <- iris[ss,-5] %>% dist %>% hclust("single") dend1 <- as.dendrogram(hc1) dend2 <- as.dendrogram(hc2) # cutree(dend1) cophenetic(hc1) cophenetic(hc2) # notice how the dist matrix for the dendrograms have different orders: cophenetic(dend1) cophenetic(dend2) cor(cophenetic(hc1), cophenetic(hc2)) # 0.874 cor(cophenetic(dend1), cophenetic(dend2)) # 0.16 # the difference is becasue the order of the distance table in the case of # stats:::cophenetic.dendrogram will change between dendrograms!琶竞捆栓
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包中具有R实现的Robinson-Foulds度量，参见包的。 一个问题是这些指标没有固定的比例，因此它们仅在1）树比较或2）与某些生成的基线进行比较的情况下有用，可能通过类似于Tal在Baker的Gamma中所做的排列测试。他梦幻般的dendextend套餐。 如果你有从层次聚类生成的hclust或树形图对象，使用包中的会将你的树状图转换为系统发育树，以便在这些函数中使用。