如何使用在其他位置创建的预聚类数据在R中创建树状图？

| 我有用Java编写的集群代码，从中可以创建嵌套的树结构，例如下图显示了树的一小部分，其中两个\“ isRetired \”对象在第一次迭代中被聚集，而该组在第五次迭代中被\“ setIsRequired \”聚集。群集中对象之间的距离显示在括号中。 
  |+5 (dist. = 0.0438171125324851)
    |+1 (dist. = 2.220446049250313E-16)
      |-isRetired
      |-isRetired
    |-setIsRetired
我希望将结果显示为更传统的树状图，看起来R具有一些不错的功能，但是由于我对R知之甚少，因此我不清楚如何利用它们。 我可以用Java将树结构写到文件中，然后用几行R代码生成树状图吗？在R程序中，我想执行以下操作： 从文件读入数据结构（\“ hclust \”对象？） 将数据结构转换为树状图（使用\“ as-dendrogram \”？） 使用\“ plot \”显示树状图 我想这个问题归结为R是否提供了一种从文件读取并将字符串输入转换为（hclust）对象的简便方法。如果是这样，输入文件中的数据应该是什么样的？     
2019-12-27 3 条评论
分享

没有找到相关结果

    已邀请:

    信藉乒

    我认为您正在寻找的是phylog。您可以将树以Newick格式打印在文件中，将其解析出来并构造一个phylog对象，您可以轻松地对其进行可视化。该网页的末尾提供了如何执行此操作的示例。您可能还需要考虑phylobase。尽管您不希望这些包提供全部功能，但是您可以背负它们用于表示树及其绘图功能的构造。 编辑：在这里提供一个更简单的解决方案之前，似乎已经问过类似的问题。因此，基本上，您唯一需要在此处编写代码的就是Newick解析器或您要从Java输出的任何其他表示形式的解析器。     
    2019-12-27 0 0
    分享

    夏瓤跋棘

    猿（系统发育与进化分析）包包含树状图绘制功能，并且能够读取Newick格式的树。由于它是一个可选软件包，因此您需要安装它。从理论上讲它易于使用。以下命令生成树状图： 
    > library(\"ape\")
> gcPhylo <- read.tree(file = \"gc.tree\")
> plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)
    到目前为止，我的主要抱怨是，当包含Newick格式的树信息的文件的语法出现问题时，几乎没有诊断信息。我已经成功地使用其他工具读取了相同的文件（在某些情况下，可能是因为这些工具在语法上存在某些错误）。 您还可以使用phylog软件包生成树状图，如下所示。 
    > library(ade4)
> newickString <- system(\"cat gc.tree\", intern = TRUE)
> gcPhylog <- newick2phylog(newickString)
> plot(gcPhylog, clabel.nodes=1)
    两者都可以使用Newick格式的树，并且都具有许多绘图选项。     
    2019-12-27 0 0
    分享
    为什么被折叠? 0 个回复被折叠

    要回复问题请先登录或注册

    或代码 OrCode.com 备案号：粤ICP备15020848号-1
    Escape time: 0.040069103240967