使用R绘制类别数据

| 我有一个蛋白质名称列表（P1，P2，...，Pn），它们被分类为三种不同的表达水平：高（H），中（M）和低（L），在三种实验条件下进行测量（ Exp1，Exp2和Exp3）。 我希望绘制一个如图底部所示的图，左侧是蛋白质的名称，顶部是实验的名称，高，中和低类别分别用红色，蓝色和绿色表示。 我是R的新手，我将不胜感激。 提前致谢     
2019-12-31 3 条评论
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    babsoft

    您可以创建具有以下格式的数据的文件（制表符分隔）： 
    pv   exp  val
1    1    H
2    1    L
3    1    L
4    1    M
1    2    H
2    2    H
3    2    M
4    2    H
1    3    L
2    3    L
3    3    L
4    3    M
    并使用以下命令抓取并绘制它们： 
    mat <- read.table(file.choose(),header=T)
    ＃将文件读入内存 
    attach(mat)
    ＃将标头名称映射到变量名称 
    plot(pv~exp,col=val)
    ＃相互绘制类别，并使用
    val (H,M,L)
    作为颜色阵列。 R会自行将这些值分配给颜色。您还可以使用val数组将（H，M，L）转换为（Blue，Red，Green）来创建颜色数组...但是还有其他文档。     
    2019-12-31 0 0
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    播匣扦阔食

    这是一种使用
    ggplot2
    和
    reshape2
    软件包的魔术的方法。 首先，以您描述的格式重新创建数据： 
    df <- data.frame(
    P    = paste(\"P\", 1:4, sep=\"\"),
    Exp1 = c(\"L\", \"H\", \"L\", \"M\"),
    Exp2 = c(\"M\", \"M\", \"L\", \"H\"),
    Exp3 = c(\"H\", \"L\", \"L\", \"M\"))
    接下来，加载附加软件包： 
    library(reshape2)
library(ggplot2)
    然后，使用
    melt()
    将数据从宽格式转换为高格式。 id变量为\“ P \”，我们告诉函数将\“ variable \”重命名为\“ Exp \”： 
    mdf <- melt(df, id.vars=\"P\", variable=\"Exp\")
    因为L-M-H具有语义顺序，所以我们使用
    factor()
    的
    ordered
    参数来通知R此顺序： 
    mdf$value <- factor(mdf$value, levels=c(\"H\", \"M\", \"L\"), ordered=TRUE)
    最后，我们准备好绘制您的数据了： 
    ggplot(mdf, aes(x=Exp, y=P, colour=value)) + 
    geom_point(size=3) + 
    scale_colour_manual(value=c(\"red\", \"green\", \"blue\")) +
    xlab(\"\") + 
    ylab(\"\")
        
    2019-12-31 0 0
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