生物信息学数据库结果否定?

| 生物信息学数据库(例如BioGRID)从各种出版物和实验中收集了许多不同物种的蛋白质和基因的相互作用结果,但是由于没有对所有组合进行测试,因此这种归类归因于测试偏倚,并且有些测试不只一次。他们不应该收集所有负面结果吗?是否有这样的资源可以从高通量和低通量实验中系统地收集正向和负向相互作用?     
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这些可能会帮助: http://www.jnrbm.com/info/about/ http://www.jnr-eeb.org/index.php/jnr 到目前为止,我知道存在非突变者或非结合类药物化合物的数据库     
您应该查找“ Negatome”(非相互作用蛋白对的数据库)。 Smialowski P,Pagel P,Wong P,Brauner B,Dunger I,Fobo G,Frishman G, Montrone C,Rattei T,Frishman D,RueppA。Negatome数据库:参考集 非相互作用的蛋白质对。核酸研究。 2010 Jan; 38(数据库 问题):D540-4。 Epub 2009年11月17日。PubMed PMID:19920129; PubMed Central PMCID: PMC2808923。可从以下网站获得:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19920129     
1)在同行评审期刊上发布的高吞吐量屏幕通常具有此类数据。塞萨里尼(Cessarini)已发布有关域/肽相互作用的负面结果。 2)您可以联系数据库,例如mint / reactome / etc ...,并提到希望得到负面结果的地方。根据授权,许多此类组织都必须与您共享任何此类数据,即使这些数据不在其站点上也是如此。 3)有关此主题的丰富资源,请访问http://www.nature.com/nmeth/journal/v4/n5/full/nmeth0507-377.html     
我们一直在开发一个开源蛋白质相互作用元数据库和预测服务器(确实包括来自BioGRID的数据以及其他来源),该服务可根据您的要求处理阴性和阳性数据。 MAYETdb执行以下操作: 将蛋白质相互作用分类为“相互作用”或“不相互作用” 包括来自各种实验设置(Y2H,TAP-MS等)和物种(酵母,人,线虫)(包括文献挖掘数据和数据库数据,例如BioGRID)的数据。 它还会产生那些分类的假阳性和假阴性错误。 随机森林机器学习系统通过学习各种蛋白质特征来预测以前未经测试的相互作用,并以相当高的准确性(〜92%AUG)起作用。 它尚未在服务器上运行,但是源代码可用并且如果您感到不耐烦则对其进行了严重注释:https://bitbucket.org/dknightg/ppidb/src 请询问您是否有任何疑问:)     

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