R：两个矩阵的列之间的成对欧式距离
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以下循环耗时太长，无法运行（2分钟/迭代）
肿瘤信号尺寸为950000x422
normal_signals的大小为950000x772
关于如何加快速度的任何想法？
for(i in 1:ncol(tumor_signals)){
x <- as.vector(tumor_signals[,i])
print(\"Assigned x\")
y <- t((t(normal_signals) - x)^2)
print(\"assigned y\")
y <- t(sqrt(colSums(y)))
print(\"done\")
#all_distance <- cbind(all_distance,matrix(distance))
print(i)
}
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授巨
进行转置。据我了解，您正在尝试为所有和计算和之间的欧几里得距离。您可能希望将结果保存在422 x 772矩阵中。软件包中有一个函数将为您完成此操作：顺便说一句，用Google搜索“ 9”会很容易找到这个软件包。