将SQL邻接表转换为R邻接矩阵
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我有一个MySQL表ѭ0,该表将所有相互关联的亲子关系数据存储为2个邻接表:
家谱表
org_id INT UNSIGNED NOT NULL PRIMARY KEY,
dam_id INT UNSIGNED,
sire_id INT UNSIGNED,
FOREIGN KEY (org_id) REFERENCES organisms(org_id)
FOREIGN KEY (dam_id) REFERENCES organisms(org_id),
FOREIGN KEY (sire_id) REFERENCES organisms(org_id)
任何org_id
可能有也可能没有孩子。儿童人数不受限制。
“ 0”表中的每个“ 2”都必须至少具有dam_id或sire_id
如果org_id
没有父母,则除作为父系或母系外,不会在血统书中列出
org_id
可能有dam_id==sire_id
样本数据
Org Dam Sire
23, 42, 57
26, 25, 25
27, 43, 43
28, 44, 44
30, 25, 25
31, 45, 25
32, 45, 45
33, 31, 32
34, 28, 59
35, 27, 28
36, 28, 28
39, 38, 34
41, 27, 24
我想使用R's的igraph
包(除非有更合适的选项)来显示我的血统书的定向DAG,其祖先节点出现在子节点之上。我不清楚igraph需要执行什么操作。我认为我需要从邻接列表中生成邻接矩阵,但是我对如何有效地做到这一点感到困惑。
有想法吗?
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1 个回复
峨躬坎抬焚
如果由于某种原因需要邻接矩阵