清除rpy2使用的内存

如何清除通过rpy创建的对象（以及它们占用的内存）？

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
del a    #if I do this, there is no change in the amount of memory used
r.r('rm(list=(ls(all=TRUE)))') # Same here, the objects disappear, but the memory is still used

不幸的结果是，在我的应用程序中，内存使用量增加，直到没有足够的然后它崩溃...来自rpy2文档：对象本身仍然可用，并保护免受R的垃圾收集直到foo被删除蟒蛇但即使这样做：

import rpy2.robjects as r
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)')
r.r.rm('a')
del a
r.r.gc()

没有释放使用的内存...... 编辑：rpy2 2.0，Win XP，R 2.12.0

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疾桓

rpy文档中有一段暗示您在删除或覆盖大对象时可能需要经常运行Python垃圾收集器： R对象存在于R内存空间中，它们的大小不为Python所知，因此，当涉及大对象时，Python似乎并不总是经常进行垃圾收集。当在循环中覆盖大对象时，这有时会导致瞬态增加的内存使用量，虽然达到系统的内存限制似乎会触发垃圾收集，但是人们可能希望明确地触发收集。我可以通过在创建矩阵后立即运行gc.collect()来强制rpy2释放该大矩阵，并且在删除它并运行R的内部gc()函数之后再次执行。在睡眠循环中运行它 - 使用top来观察内存使用量的增加/减少。在Ubuntu 10.0.4上使用Python 2.6运行，python-rpy版本2.0.8链接到R版本2.10.1。希望这有助于您取得一些进展：

import gc
import time

import rpy2.robjects as R

for i in range(5):
    print 'pass %d' % i
    R.r('a = matrix(NA, 1000000, 50)')
    gc.collect()
    R.r('rm(a)')
    R.r('gc()')
    gc.collect()

    print 'sleeping..'
    time.sleep(5)

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